Hönttämäen koulun kaikki oppilaat kuuluvat oppilaskuntaan. Jokaiselta luokalta valitaan edustaja ja varaedustaja oppilaskunnan hallitukseen joka toinen vuosi järjestettävillä vaaleilla. Oppilaskuntatoiminnan tavoitteena on edistää oppilaiden vaikutusmahdollisuuksia, yhteistoimintaa ja osallistumista oppilaita koskevissa asioissa. Oppilaskunnan hallitus suunnittelee yhteis- ja virkistystoimintaa sekä edistää kouluviihtyvyyttä.